Essas embarcações possuem, normalmente, propulsão a jato d’água e chegam a desenvolver velocidades superiores a 30 nós. Sua manobrabilidade está condicionada a vários fatores, tais como o estado e as condições da água e do vento e, principalmente, à habilidade e prática do condutor com o tipo de máquina. Os modelos existentes são diferentes quanto ao equilíbrio e o movimento necessário para se manter estável. Com todas essas características e possibilidades torna-se necessária a adoção de determinadas medidas preventivas de segurança:

Tal como um automóvel, a condução de uma moto aquática requer habilitação específica.Trata-se de uma embarcação de alto desempenho - não é brinquedo. As curvas radicais e os saltos sobre a esteira de outras embarcações ou ondas pode aumentar o risco de lesões nas costas, médula espinhal (paralisia), lesões na face e fratura nas pernas, tornozelos e outros ossos do corpo. Eviter navegar com mau tempo ou em condições de baixa visibilidade. Manenha-se sempre alerta sobre a ocorrência de condições meteorológicas adversas. É conveniente navegar na companhia de outros veículos aquáticos, mantendo-se a uma distância segura. Trata-se apenas de uma questão de bom senso!

As moto aquáticas não estão equipadas com luzes de navegação. Portanto, não é permitido navegar com este tipo de embarcação após o pôr do sol ou antes do nascer do sol, de modo a não aumentar o risco de abalroamento com outras embarcações e de lesões corporais graves ou até mesmo morte. Conhecer e seguir as normas vigentes aplicável ao veículo é de fundamental importância para a navegação segura.

Trajes normais de banho não oferecem a proteção adequada contra os fortes jatos de água como, por exemplo, os da saída da turbina. É recomendado usar calçados (tipo crocs, borracha ou de neoprene), luvas e óculos para proteção dos olhos. É conveniente o uso de capacete de proteção durante a prática de desportos aquáticos.

É proibido o emprego da moto aquática para reboque, seja de outra embarcação, de pessoas praticando esqui aquático ou atividades similares.
As motos aquáticas a partir de três lugares e as empregadas no serviço de salvamento da vida humana e em esportes aquáticos do tipo tow-in surf estão isentas dessa proibição.

É obrigatório o uso de placa ou adesivo junto à chave de ignição da moto aquática alertando o usuário quanto a obrigatoriedade do condutor ser habilitado como Motonauta (MTA).

É proibida a condução de passageiro (incluindo crianças) na frente do condutor a fim de não prejudicar a visibilidade e a capacidade de manobra da moto aquática.

É proibido o transporte de crianças com idade inferior a 7 anos.
Com idade igual ou maior do que 7 e inferior a 12 anos poderão ser conduzidos na garupa.
A criança deverá ter condições de manter-se firme na embarcação, apoiando seus pés piso da moto aquática, mantendo ainda seus braços em volta da cintura do condutor
Com crianças na garupa deve-se manter velocidades lentas e controladas, evitando manobras bruscas.
Recomenda-se como situação mais segura, o transporte da criança posicionada entre dois adultos em moto aquáticas de três lugares.

Uso do colete salva-vidas classe V, homologados pela Marinha do Brasil para o condutor e passageiros.
Chave de segurança atada ao pulso, ao colete ou a qualquer outra parte do condutor, de forma que ao se separar fisicamente da embarcação em movimento a propulsão seja desligada automaticamente.

É recomenddado o uso de calçados tipo crocs, borracha ou neoprene, luvas e óculos de proteção. Além disso, trajes normais de banho não oferecem a proteção adequada contra fortes jatos de água como, por exemplo, os da saída da turbina, sendo recomendável o uso de roupas de neoprene para proteção pessoal.

• Mantenha distância segura de pessoas, além do limite de 200 metros das praias, objetos e outras embarcações.
• Lembre-se que a moto aquática é difícil de ser avistada em certas condições. Mantenha-se visível!
• Pilote sempre em velocidade segura.
• Não siga de perto outras embarcações ou motos aquáticas.
• Evite curvas fechadas ou outras manobras que outras pessoas tenham dificuldade de desviar ou entender o que você pretende.
• Não se aproxime das pessoas para molhá-las.
• Evite águas com objetos submersos ou rasas.
• Para maior segurança, oriente o passageiro a segurar com as duas mãos no colete do condutor. Melhor forma: Enfiar os quatro dedos da mão por baixo da lateral da cintura do codutor, fixando as mãos no colete.